Clip Studio Paint — программа, которая создана специально для рисования манги. Пользуясь инструментами, входящими в ее состав, профессиональные художники могут создавать по-настоящему выдающиеся работы. Интерфейс рабочей среды построен таким образом, чтобы все необходимые функции и элементы управления находились под рукой. Графическая оболочка обеспечивает быстрый доступ к палитре, селектору кистей, библиотеке с паттернами для определенных эффектов и сцен. Как и любой другой продвинутый графический редактор, Clip Studio Paint Pro предлагает пользователям поддержку слоев и возможность переключения между каналами. Каждый новый рисунок можно открывать в отдельной вкладке, а для быстрого перемещения по странице комикса и внесения правок предусмотрен удобный навигатор, помогающий приближать отдельные "боксы" и увеличивать элементы рисунка до огромных масштабов. Особенно удобно масштабирование и навигация реализованы для сенсорных экранов, которым очень часто пользуются профессиональные художники. Также есть поддержка "физических" кистей.
Разработчики Clip Studio Paint заявляют, что их программа позволяет рисовать на компьютере так же комфортно как и на бумаге. Кроме того, редактор позволяет "оцифровать" рисунки, созданные традиционным способом. Для этого в программе реализована возможность импорта изображений с подключенного сканера.